El origen de Perarrúa se puede datar en la Alta Edad Media, donde aparece la primera documentación de la zona (s. VI, en el testamento del diácono Vicente que cita Petraroveida en la Tierra Labitolosana). El nombre de Perarrúa, toponímicamente, presenta varios significados, aunque el más aceptado es de piedra roja.
Parte del municipio se vio afectado por la invasión musulmana cuyo límite septentrional se fija entre Perarrúa y Besiáns. En la zona sur, musulmana, se construyó un castillo, Qasr Muns, que posteriormente , ya bajo dominación cristiana, se denominó Castillo de El Mon o de Perarrúa. La importancia de esta construcción fue destacada en las luchas entre cristianos y musulmanes ya que dominaba todo el territorio (en la zona destacaron también los castillos de Besiáns, de Esvu o Castro Pelato, de Santa Liestra o de Fantova).
En el s. XI la zona es recuperada por los cristianos (intervención del Rey Sancho el Mayor), sobre todo tras la caída del castillo petrarrubense. Posteriormente, el castillo se restauró para organizar la defensa del valle y preparar la conquista de Graus. Alrededor de la fortaleza quedaron establecidos algunos núcleos poblacionales:
• El Mon: conservó el nombre original del castillo, quedando incluido en su territorio. Actualmente abandonado.
• Arués: (origen toponímico de la época bajo imperial romana): más alejado, formó la parroquia de San Clemente con El Mon, ubicada en el mismo recinto del castillo. Actualmente abandonado.
• Ribera: tras la conquista cristiana, o antes, se instalaron algunas casas junto al río, por ser mejor zona habitable. Desapareció tras aglutinarse a la nueva parroquia de San Martín (1637). Quedan restos del poblado medieval, y la iglesia de la Virgen de la Ribera (s. XII). Actual cementerio de Perarrúa.
• San Martín de Perrarrúa: posible origen del actual Perarrúa, cuando sus gentes descendieron a la zona de la ribera. Quedan vestigios de las primitivas casas medievales de un sólo piso, así como de la ermita de San Martín (el muro principal y una bóveda).
En el s. XII, bajo la influencia de Ramiro el Monje, comienza la reunificación del territorio con Perarrúa, Besiáns (que pertenecía a Santa Liestra), y Caballera, junto con otros núcleos poblacionales, aunque éste último paso a pertenecer a Santa Liestra y San Quílez en el s. XIX.
Cinco siglos separan al casco urbano moderno de Perarrúa del antiguo, en relación con la época del castillo y de los edificios que sirvieron de base al actual núcleo de población.
Besians (Besssiens, de origen latino VICINUS, aldea o reunión de casas) fue el primer poblado cristiano de la zona (alrededor del s. X). Besians presenta dos ubicaciones, la primitiva, de origen medieval, con la iglesia de San Juan (s. XII), actualmente abandonada, y el casco moderno, en la ribera del Ésera.